Nykøbing Havn
Havnen i Nykøbing har både funktion som erhvervshavn og lystbådehavn.
Erhvervshavnen
Erhvervshavnen i Nykøbing bliver benyttet af muslingefiskerne, der lodset muslinger. Jævnt fordelt hen over året bliver der desuden lodset korn, foderstoffer, træpiller og meget andet fra coastere.
Lystbådehavnen
I lystbådehavnen i Nykøbing Mors er privat selvstændig lystbådehavn.
Lystbådehavnen har sin egen hjemmeside på www.morshavn.dk. Lystbådehavnen ligger tæt ved Nykøbing bymidte med mange gode indkøbsmuligheder. På havneområdet og tæt herved findes gode spiserestauranter. Nykøbing Mors Turistkontor er også beliggende på havnen.
Morsø kommune har også gæstepladser til lystsejlere i Thissinghuse og Sillerslev på den sydlige del af øen.